В процессе эксплуатации систем вентиляции в врздуховодах происходит накопление отложений пыли, жира и мусора, что приводит к ухудшению параметров воздуха в помещении и необходимости чистки вентиляции. Загрязненные воздуховоды систем вентиляции создают возможность возникновения пожаров, что является еще одним доводом в пользу важности очистки вентиляции. Скопившиеся в вентиляционном оборудовании и воздуховодах отложения, легко воспламеняются, и вместе с воздухом внутри воздуховодов огонь может быстро распространяться по всему зданию. Если система вентиляции, кроме транспортировки воздуха, предназначена для его нагрева, охлаждения и увлажнения, то жировые и пылевые отложения создают благоприятную почву для роста опасных для человека клещей, бактерий, грибов и других болезнетворных микроорганизмов.

Если периодически не проводить чистку вентиляции, то со временем микроорганизмы могут отрываться от поверхности воздуховодов и переноситься потоком воздуха в помещения. Такие заболевания как аллергия, грипп, "болезнь легионеров", а также атипичная пневмония (SARS) могут передаваться через вентиляцию от зараженного человека к здоровому. Безусловно, не качество воздуха является основной причиной таких заболеваний, но способствует их развитию - еще один довод важности чистки вентиляции.